Секвенаторы

Все наши приборы для чтения последовательностей нуклеиновых кислот относятся к «секвенаторам нового поколения» (Next-Generation Sequencers, NGS). При работе они применяют разные молекулярные подходы, но всех их объединяет схожая парадигма использования по сравнению с традиционными сэнгеровскими секвенаторами: они производят очень большое количество относительно коротких чтений (reads). Как правило, в NGS-методиках широко применяется «метод дробовика» (shotgun sequencing) для обеспечения равномерного покрытия исследуемого материала чтениями.

Personal Genome Machine (производство Thermo Fisher Scientific, США) использует технологию полупроводникового секвенирования Ion Torrent. Полупроводниковое секвенирование основано на регистрации изменения pH при включении нуклеотида в растущую нить ДНК. Как правило, используется для задач небольшого масштаба, например, экзомного секвенирования.

Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения длиной около 200–400 пар нуклеотидов, общий объем данных зависит от выбранной модели чипа и может варьироваться в пределах от 30 до 2000 млн. п.н. Время работы составляет 1–2 дня.

HiSeq 1500 (производство Illumina, США) — секвенатор, в основе работы которого лежит технология секвенирования синтезом на молекулярных колониях. Предназначен в основном для научных задач, требующих большого объема данных (ресеквенирование и сборка геномов эукариот, анализ крупных партий однотипных образцов посредством мультиплексирования).

Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения фиксированной длины (от 36 до 200 п.н.), общий объем данных может составлять от 15 до 500 млрд. п.н. и даже больше. В режиме максимальной производительности эксперимент занимает до трёх недель, однако имеется возможность проведения «быстрого запуска», предоставляющего готовые к анализу данные в течение суток после получения образцов.

В SOLiD 5500 (производство Thermo Fisher Scientific, США) применяется технология лигазного секвенирования. Эта технология хорошо подходит для секвенирования геномов, экзомов и транскриптомов; возможно мультиплексирование множества образцов в одну партию. Лигазное секвенирование предоставляет дополнительный уровень фильтрации ошибок, что повышает достоверность определения полиморфизмов.

Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения длиной 75 п.н., общий объем данных может достигать 400 млрд. п.н. Время запуска составляет 7–10 дней.

Если у вас есть желание использовать другую технологию секвенирования (например, для получения технических контролей), отсутствующую у нас, мы поможем вам с подготовкой образцов, необходимым логистическим обеспечением и проведением эксперимента на оборудовании наших партнёров в России и мире.